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超净台使用寿命的长短与空气的洁净程度有关。当空气中含有粉尘的地区，超净台则宜放在较好的有双道门的室内使用。任何情况下都不应将超净台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。
无菌室应定期用７０％酒精或０.５％苯酚喷雾降尘和消毒，用２％新洁尔灭抹拭台面７０％酒精也可，配合紫外线灭菌灯,以使无菌室保持无菌状态。使用前开灯１５分钟以上照射灭菌，但凡是照射不到之处仍是有菌的。在紫外线灯开启时间较长时，可激发空气中的氧分子缔合成臭氧分子，这种气体成分有很强的杀菌作用，可以对紫外线没有直接照到的角落产生灭菌效果。由于臭氧有碍健康，在进入操作之前应先关掉紫外线灯，关后十分钟即可使用。
在超净工作台上亦可吊装紫外线灯，但若将紫外线灯装入照明灯罩里面，这是毫无用处的，因为紫外线不能穿透玻璃，它的灯管是石英玻璃，而不是硅酸盐玻璃制成的。