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过氧乙酸是一种杀菌能力较强的高效消毒剂，它可以迅速杀灭各种微生物，包括病毒、细菌、真菌及芽孢。由于它有腐蚀性，必须按比例稀释后使用，否则会造成灼伤。它也不能用于人体皮肤消毒。
一、对地面、墙壁、门窗消毒
将浓度为0.2%～0.5%的过氧乙酸溶液装入喷雾器中喷雾消毒。泥土墙吸液量为50毫升/平方米～300毫升/平方米，水泥墙、木板墙、石灰墙为100毫升/平方米。对上述各种墙壁的喷洒消毒剂溶液不宜超过其吸液量。地面消毒先由外向内喷雾一次，喷药量为200毫升/平方米～300毫升/平方米，待室内消毒完毕后，再由内向外重复喷雾一次。以上消毒处理，作用时间应不少于60分钟，然后打开门窗通风。
二、对房屋空间消毒
房屋经密闭后，用浓度为15%，用量为每立方米空间7毫升的过氧乙酸溶液(1克/立方米)，放入瓷或玻璃器皿(可以用于加热的)中，用酒精炉或燃气炉加热蒸发，薰蒸120分钟，即可打开门窗通风。或用浓度为2%的过氧乙酸溶液(8毫升/立方米)喷雾消毒，保持时间应当为30分钟～60分钟，然后打开门窗通风。
三、对衣服、被褥消毒
将欲消毒的衣物悬挂在室内(切勿堆集成一堆)，密闭门窗，糊好缝隙，用浓度为15%，用量为每立方米空间7毫升的过氧乙酸溶液(1克/立方米)，放入瓷或玻璃容器(可以用于加热的)中，用酒精炉或燃气炉加热蒸发，薰蒸60分钟～120分钟后，即可打开门窗通风。
四、对餐(饮)具消毒
用浓度为0.5%的过氧乙酸溶液将餐(饮)具浸泡30分钟，浸泡时，消毒液要漫过被消毒的器具，最后再用流动的清水将餐(饮)具洗净。
五、对食物消毒
瓜果、蔬菜类食物用浓度为0.2%～0.5%的过氧乙酸溶液浸泡10分钟，浸泡时，消毒液要漫过食物，最后再用流动的清水将食物洗净。
六、对盛排泄物或呕吐物的容器消毒
用浓度为0.5%的过氧乙酸溶液浸泡30分钟，浸泡时，消毒液要漫过被消毒容器，然后再用流动的清水洗净。
七、对家用物品、家具消毒
用浓度为0.2%～0.5%的过氧乙酸溶液进行浸泡、喷洒或擦洗消毒，对于浸泡或喷洒消毒后的物品，应当用流动的清水洗干净或用洁净的抹布擦干净。
八、对手与皮肤消毒
如果手或皮肤污染严重时，可用浓度为0.2%的过氧乙酸溶液浸泡，或用浓度为0.2%的过氧乙酸棉球、纱布块擦拭，然后再用流动的清水洗净。
九、对运输工具消毒
车、船内外表面和厢舱空间，可用浓度为0.5%的溶液喷洒至表面湿润，保持时间不少于60分钟。对车船厢舱进行消毒时，应先将空间密封，将浓度为15%，用量为每立方米7毫升的过氧乙酸溶液(1克/立方